发生劳务派遣时，企业与派遣人员签订劳动合同，派遣企业和用工单位签订劳务派遣协议，用工单位要求派遣企业根据业务的需要派遣劳务人员，并支付报酬的一种形式。这一方面降低了用工单位的培训成本，规避裁员的风险；另一方面增强了用人的灵活性。因此，受到用工单位的青睐，成为市场发展的趋势。
一般情况下，劳务派遣人员的工资由用工单位转账给派遣企业，再由派遣企业统一发放给劳务派遣人员。在实际业务中，用工单位还会直接发给劳务派遣人员部分福利，比如加班费、节假日补贴等，对于这部分薪酬如何代扣代缴个人所得税，是按“工资薪金所得”还是按“劳务报酬所得”？成为讨论的焦点，有观点认为：劳务派遣时，用工单位应按“工资，薪金所得”代扣代缴个人所得税，理由如下：薪酬属于“工资薪金所得”
（1）《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第八条规定，工资、薪金所得是指个人因任职或受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或受雇有关的其他所得。劳务派遣人员取得的这部分收入与其在用工单位的工作密不可分，其不在该单位工作，也不可能获得这部分收益。
（2）劳务派遣企业根据《劳务派遣协议》发放给劳务派遣人员按“工资、薪金所得”代扣代缴个人所得税，而用工单位未在《劳务派遣协议》中约定的额外支付给劳务派遣人员的报酬属于同种类型的所得，理应按同个税目代扣代缴个人所得税，只不过是用工单位代替劳务派遣企业履行这部分代扣代缴义务而已。因此，从本质上讲该部分薪酬属于“工资薪金所得”。劳务派遣人员和用工单位存在间接劳动关系根据《国家税务总局关于印发〈征收个人所得税若干问题的规定〉的通知》（国税发〔1994〕89号）第十九条规定，工资、薪金所得属于非独立个人劳务活动，劳动报酬所得则是个人独立从事各种技艺、提供各种劳务取得的报酬，两者的主要区别在于，前者存在雇佣和被雇佣的关系，后者则不存在这种关系。要判断是否存在雇佣和被雇佣的关系，需要对《劳务派遣协议》进行定性。一般而言，《劳务派遣协议》对劳务派遣人员的工资及其他费用、双方的权利和义务、日常管理、期限、合同的变更、解除、终止、争议的解决等事项都作了约定。该合同其实是劳务派遣企业基于和劳务派遣人员签订劳动合同的基础上，代替劳务派遣人员和用工单位签订的劳动合同。虽是劳务派遣企业和用工单位之间签订的协议，但基于原先的劳动合同，劳务派遣协议对劳务派遣人员和用工单位也存在约束力，因此用工单位和劳务派遣人员是间接劳动关系，两者存在雇佣和被雇佣的关系。
按“劳务报酬所得”扣缴个人所得税有“问题”根据个人所得税法第八条规定：“个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或个人为扣缴义务人”。用工单位若以“劳务报酬所得”扣缴个人所得税，则以每次收入减除费用800元（每次收入额不超过4000元时）或减除20％的费用（每次收入额超过4000元时）后的余额扣缴个人所得税，而劳务派遣企业在扣缴个人所得税时，以劳务派遣人员所得减除费用3500元之后的余额为应纳税所得额扣缴个人所得税，这样就产生了每月同一类型的收入重复减除费用的问题。
按“劳务报酬所得”缴纳个人所得税增负担若定性为“劳务报酬所得”，用工单位不能以工资单的形式列支相关的费用，只能通过合法有效凭证列支。就需要劳务派遣人员去税务机关开具相关的发票，若用工单位每月直接发放相关薪酬，则劳务派遣人员每月需开具发票。同时，劳务派遣人员获得的劳务报酬还需要缴纳营业税及附加，增加了劳务派遣人员的税收负担。
此，笔者认为劳务派遣，用工单位应按“工资薪金所得”代扣代缴个人所得税。用工单位每月在劳务派遣企业实际发放报酬的基础上，加上本单位直接发放的金额适用税率，重新计算应扣缴的个人所得税，再减去劳务派遣企业按规定已扣缴个人所得税为本单位应扣缴的个人所得税。例如，张某是劳务派遣企业专门从事服装加工的职工，某有限公司和该劳务派遣企业签订6个月的合同，要求张某为该公司从事服装加工，合同规定劳务派遣人员的劳务报酬为4000元（服务管理费用另计）。2013年5月30日用工单位另行发给张某现金——加班费补贴500元。用工单位应按如下方式代扣代缴个人所得税。
5月份张某的工资薪金总额为：4000＋500＝4500（元）；
劳务派遣企业代扣代缴张某个人所得税为（“三险一金”不计）：（4000－3500）×3％＝15（元）
用工单位代扣代缴张某个人所得税为：（4000＋500－3500）×3％－15（劳务派遣企业已扣缴的个人所得税）＝15（元）。